Departamentul desfășoară cercetări de filologie şi limbă literară, în cadrul proiectului Corpusul însemnărilor manuscrise româneşti. Transilvania, și se ocupă de realizarea de ediții critice sau filologice. Filologii clujeni au participat astfel la editarea Bibliei de la Blaj (1795), coordonată filologic de Eugen Pavel (lucrare distinsă în 2000 cu Premiul „Timotei Cipariu” al Academiei Române), a Bibliei Vulgata a lui Petru Pavel Aaron, ambele în colaborare cu Institutul de Istorie „G. Bariţ” din Cluj-Napoca, iar în 2011 la elaborarea unei ediţii reprezentative din scrierile lui Ion Budai-Deleanu. În anul 2018 a apărut Şcoala Ardeleană, antologie de texte alcătuită și coordonată de Eugen Pavel, vol. I‒IV, în colecţia „Opere fundamentale” a Fundației Naționale pentru Știință și Artă (Premiul „Timotei Cipariu” al Academiei Române, Premiul „Perpessicius” pentru ediţii critice al Muzeului Național al Literaturii Române). În cadrul departamentului se realizează de asemenea ediția de opere complete Mihail Dragomirescu și ediția de corespondență primită de Sextil Pușcariu.